Cuando exportas desde FCP tienes diferentes opciones para hacerlo. En la ventana principoal del Export... te aparece como lo quieres exportar y te da un boton de opciones. Al hacer click en ese boton te aparecen todas las opciones de exportacion, con settings para audio, video e incluso internet.
Pudes probar desde aqui, y de verdad, si es mas facil que con el Cleaner
Saludos
Alex Simon