Uff!
Sin un chroma es fráncamente complicado, pero no imposible. Como te han comentado, deberías pasar por after effects si en el fondo no tienes un color sólido en el que puedas aplicar un filtro de sustitución, no tiene porque se verde o azul.
De todas maneras, lo mejor, llevarte el clip de video a after effects y animar una máscara recortando la silueta, exportas en quicktime con alfa y ya lo tienes.
Suerte!