Hola a todos espero que me puedan ayudar en este tema, la verdad estoy un poco frustrado con ello.

la pregunta es la siguiente.

Hago una animación en after effects la exporto como QT con el codec animation... cuando la veo en el viewer (FNP) se ve perfecta, la llevo al timeline se destruye por completo.

creo que el problema esta en el sequence settings.

- Si el sequence settings es para la animación se ve mal el material en video(dv/dvcpro-ntsc) y lo mismo pasa al contrario.

Mil gracias de ante mano por cualquier ayuda que me puedan dar

Le diste render a la secuencia?
Verifica tus setings de render.

Checkea el tamaño y la calidad del clip exportado desde AE.
Casi siempre que trabajo con Alpha exporto como Animación y jamás me ha dado ningún problema.

Como dice MarioChing, haces render en FCP?