ok..
para eliminar el fondo verde haces lo siguiente, en la ventana de efectos en final cut pro/ video filters/key/blue and green screen o spill supressor- green o color key. con alguno de esos filtros puedes eliminar el fondo verde y dejar al sujeto transparente.
para exportarlo con canal alpha haces esto:
file/export/using quicktime conversion/en format escoges quicktime movie y presionas el boton de options, en la ventana de movie settings/video/settings/compresion type eliges animation/ en la parte que dice compressor en depth escoges millions colors + para que te de el canal alpha y la calidad la escoges a tu gusto, espero te sirva de algo la informacion y ahi me dices como salio
SALUDOS
Vicente Castellanos Glez.