Exportarla como QT sin que pierda su transparencia, no creo que sea posible
Sé de dos alternativas: La primera es guardar esa secuencia como proyecto, que contenga todos los elementos en ella. Puedes hacerlo con Media Manager ya que seguramente no ocupará demasiado espacio. Luego, con el otro proyecto abierto, abre ésta y la montas en la secuencia deseada, como s fuese un clip más.
La otra alternativa: Si se trata de texto, Lower Third incluido, al exportar la secuencia como QT .mov lo que era transparente será negro al montarla en la nueva secuencia. Puedes usar el filtro "Color Key" y con el gotero lo aplicas en una parte negra para eliminar ese color. No es la solución perfecta pero espero que te sirva.
Alberto